Izmantojot pirmo sezonu kā pamatu, otrā “Hanna” sezona ienirt Utrax tumšajos noslēpumos. Līdztekus tam tas arī atklāj, ko ļaunā organizācija dara, lai manipulētu ar visiem saviem ieslodzītajiem pusaudžiem un pārvērstu tos nāvējošos ieročos. 2. sezona ir pilna ar vairākām atklāsmēm un nedaudz paredz nākamo potenciālo nodaļu. Tāpēc ir pašsaprotami — tālāk sadalīsim visus sižeta punktus un sērijas beigas. (Spoileri priekšā)
Pēc izbēgšanas no Utraksas iestādes Klāra pavada Hanu. Kamēr viņi izdzīvo mežos, Utraksas amatpersonas cenšas viņus izsekot. Tikmēr, kā atklājās 1. sezonā, atlikušās meitenes tiek pārvietotas uz pilnīgi jaunu iestādi ar nosaukumu The Meadows. Klāra vēlāk iekrīt vienā no Utrax slazdiem un atkal nonāk kopā ar pārējām meitenēm. Tikmēr Marisa paņem Hannu savā paspārnē, un, cenšoties kompensēt viņas pagātnes pārkāpumus, viņa neļauj viņai izglābt Klāru. Neskatoties uz to, Hannai joprojām izdodas pārliecināt Marisu palīdzēt viņai glābt Klāru. Rezultātā viņi sasniedz Pļavas, lai izpildītu šo glābšanas misiju.
Tomēr nekas nenotiek, kā plānots. Utraksa notver Marisu, savukārt Hanna kļūst par Utraksas viltus sociālās sistēmas daļu Pļavās. Lai gan viņa sākotnēji pretojas, viņa galu galā pieņem Pļavu kā savu jauno māju kopā ar Klāru un citiem. Drīzumā Hanna un Džūls tiek apvienoti un nosūtīti uz savu pirmo slepkavības misiju reālajā dzīvē. Hannai tagad ir jāizdara izvēle — vai viņa ies tālāk no Ērika ceļa vai arī slepus plānos pret Utraksu?
Pļavās visas meitenes, kuras operē Utrax, pēkšņi tiek atbrīvotas. Atšķirībā no iepriekšējās medicīnas iestādes jaunā atrašanās vieta nodrošina viņiem krāsainas kopmītņu telpas, izdomātas ģimenes, piekļuvi sociālajiem medijiem un iespēju socializēties ar citiem. Tomēr, meitenēm nezinot, tas viss ir tikai simulēta sociāla sistēma, kas palīdz viņām uzzināt vairāk par uzturēšanu reālajā pasaulē. Kā jau tika prognozēts iepriekšējā sezonā, Utrax vienmēr bija nolēmis sūtīt šīs meitenes reālajā pasaulē. Tādējādi tas mērķtiecīgi ļauj viņiem rīkoties kā parastiem pusaudžiem, jo tas savukārt palīdzēs viņiem pārģērbties par parastiem cilvēkiem reālajā pasaulē.
Lielākajai daļai meiteņu Utrax iegūst kontroli pār viņām, aizstājot viņu iepriekš pastāvošās idejas par ģimeni, reliģiju un draugiem. Taču Hannai un Klārai organizācijai ir grūti izveidot kontroli, jo viņi jau apzinās, ka ir zaudējuši savas ģimenes. Tāpēc viņiem organizācija cenšas aizpildīt plaisu, kas alkst pēc ģimenes, nevis to aizstāt. Un tādējādi, pat zinot, ka viņas tēvs ir miris, Hanna atrod mierinājumu Pļavās.
Hannai un Džūlam tiek uzticēta pirmā reālās dzīves misija, kurā viņi sagaida, ka Hanna izmantos savu pieredzi ārpasaulē. Kas attiecas uz Džūlu, Leo slepus liek viņai uzmanīgi sekot Hannai. Saskaņā ar viņu misijas paziņojumu viņiem ir jānosaka trauksmes cēlēja, vārdā Tacits, patiesā identitāte un jānoskaidro vieta, kur viņš plāno satikt Londonā dzīvojošo žurnālisti Nikolaju Gogu. Paziņojumā arī minēts, ka viņi var piekļūt Nikolai tikai ar viņas sievas Betānijas Džeimsas starpniecību, kura ir Londonas Dienvidkrasta universitātes profesore.
Pārdzīvojusi Betāniju, Hanna beidzot sazinās ar Nikolu. Viņa fotografē fragmentus no Nikolas piezīmju grāmatiņas un nosūta tos uz The Meadows. Pēc to atkodēšanas Terija secina, ka Tacituss ir Barselonā dzīvojošs militārais jurists Roberts Gelders. Lai gan seriālam ir vajadzīgs laiks, lai atklātu, kāpēc Džons Karmikels vēlas likvidēt Robertu Gelderu (pazīstams arī kā Tacitus), kļūst skaidrs, ka Robertam ir noslēpums par Džona motīviem Utraksa pamatā. Roberts plāno atklāt šos noslēpumus Nikolai, lai viņa galu galā varētu atklāt patiesību visai pasaulei.
Barselonā Hanna satiek arī Stīvenu, vīrieti, kurš strādā pie Marisas. Stīvens skaidro, ka tas, kas tagad ir pazīstams kā Utrax, iepriekš sastāvēja no nelielas nacionālo radikāļu šķeldošas šūnu grupas aģentūrā The Pioneer Group. Viņš viņai saka, ka tagad paliek viens no retajiem grupas dalībniekiem, kurš nav gājis nepareizā ceļā. Un tāpēc viņš, tāpat kā Hanna, vēlas pārtraukt Utrax pirmo operāciju. Hanna sadarbojas ar Stīvenu un abiem, lai apturētu Roberta un Nikolas slepkavību. Viņiem nemanot, Džūls uzmana Hannu un izdomā viņu plānu.
Džūla dēļ Stīvena plāns glābt Nikolaju no pārtveršanas neizdodas. Lai pārtrauktu misijas otru pusi, Hanna dodas uz Barselonu, kur Klāra un Sandija mēģina pārtvert Robertu Gelderu. Hanna sniedzas pie Klāras un mēģina viņu pārliecināt, ka Utrax nav labi. Bet Klāra viņu vienkārši atlaiž, sakot, ka viņiem nevajadzētu apšaubīt organizāciju un koncentrēties uz kalpošanu savai tautai. Tikai tad, kad Hanna viņu pārliecina, ka viņas māte joprojām ir dzīva, Klāras skatījums uz misiju mainās.
Ar Roberta meitas Keitas starpniecību Sandija nosaka viesnīcas numura, kurā Roberts apmetas, atrašanās vietu. Ar to Klāra un Sandijs uzsāk savu pēdējo misiju — nogalināt advokātu, pirms viņš atklāj Utraksu. Klāra vilcinās, bet Sandija piesedz savas kļūdas, nežēlīgi nogalinot Robertu. Tomēr pirms nāves Roberts sazinās ar žurnālistu vārdā Alba, kurš savāc dokumentu no viena no viesnīcas darbiniekiem. Šis dokuments satur Utrax noslēpumus.
Pēc tam ar visu turpmāko darbību Alba mirst, bet Hanna saņem dokumentu. Šis dokuments beidzot atklāj, ka Utrax slepkavību mērķu sarakstā ir potenciāli ietekmīgi juristi, aktīvisti un citi dažādu jomu eksperti, kuri vēlāk varētu mainīt pasauli. Lielākā daļa cilvēku, kas minēti šajā mērķa sarakstā, ir jaunāki par 18 gadiem, un visi ir jaunāki par 30. Un tāpēc Utrax eksistence visu šo laiku bija noslēpums. Viņi vēlējās neētiski likvidēt jaunāko līderu paaudzi, jo tas ļautu viņiem iegūt kontroli pār pasauli. Un, protams, šādai misijai pusaudžu meitenes, kurām visu mūžu ir skalotas smadzenes, ir ideālas kandidātes.
Visu šo laiku Džons bija vainīgs, ka Roberts uzzināja par misiju. Kā atklājās zibakcijā, Džons reiz piedzērās un izstāstīja advokātam visu par Utraksas slepenajiem motīviem. Taču tā vietā, lai atmaskotu Džonu, Marisa pārņem kontroli un šantažē viņu, lai viņus vadītu pie augstākajiem The Pioneer Group spēkiem, kas viņam deva pavēli vadīt Utraksu. Beigas ir priekšnoteikums vēl vienai sezonai, kurā Marrisa un Hanna tagad likvidēs tos, kuri vada ļauno Pionieru grupu. Klāra, iespējams, viņiem nepievienosies, jo viņa dodas uz Ēģipti, lai beidzot satiktu savu māti.